Ograniczenie prawa do odliczenia podatku naliczonego (vat-u) w fakturze wystawionej przez niezarejestrowany podmiot nie znajduje potwierdzenia w przepisach prawa wspólnotowego. W związku z tym można wysnuć wniosek, że zasadnym byłoby odmówienie stosowania przepisu prawa krajowego tj. art88 ust.3a pkt.1 lit.a) ustawy o vat. Fakt ten został potwierdzony w wyroku z 9 czerwca 2009 roku, sygn. akt I SA/Po 264/09, w którym stwierdzono, że jeżeli faktycznie doszło do transakcji, a sprzedawca nie jest zarejestrowanym podatnikiem podatku vat, to nabywca ma prawo odliczenia podatku vat naliczonego. Istotą jest, aby zostały  wykonane czynności podlegające opodatkowaniu. Podobne stanowisko podzielił również NSA w wyroku z dnia 6 maja 2009 roku, sygn.akt I FSK 1501/07 oraz w wyroku z 14 maja 2009 roku, sygn akt I FSK 1734/07. Z uwagi na to, że organy podatkowe błędnie interpretują brak uprawnień do odliczenia podatku naliczonego w wystawionych fakturach podmiotu niezarejestrowanego, NSA złożyło zapytanie  prejudycjalne do ETS w sprawie zgodności polskich przepisów w omawianej sprawie z regulacjami unijnymi.